做完这一切，佐助转身离开火影办公楼，径直奔向位于木叶村外围的根部基地。他凭借着敏锐的查克拉感知能力，清晰地察觉到了在内部巡逻的根组织成员们的气息分布情况。根部基地宛如一座阴森的堡垒，四周弥漫着诡异而压抑的气息。紧接着，佐助再度发动凌厉攻势，借助自身强大的实力，迅速将来不及做出反应的根成员一一击晕在地。
最后，佐助有条不紊地将基地内的各种实验设备和实验数据一齐装入封印卷轴当中。期间，佐助踏入那阴森恐怖的实验室，映入眼帘的景象让他愤怒不已。无数个冰冷的手术台上摆放着残缺不全的躯体，鲜血染红了地面，刺鼻的化学药剂味弥漫在空气中。他看到了各种各样令人发指的人体实验，比如：记忆改造实验、傀儡实验，更有柱间细胞移植实验等等。佐助暗自咒骂道：“这群畜生！”此刻，他后悔自己没有带上照相机，居然还有意外收获。
……
在根部的某个隐蔽密室里，昏黄的灯光摇曳不定，仿佛随时都会熄灭。团藏正与山中风、油女取根紧张地商议着机密事宜。密室里弥漫着压抑的气息，墙上摆放着一张巨大的地图，上面标注着根组织的秘密据点。突然，密室的大门毫无征兆地被一股强大的力量震开，门板破碎，木屑飞溅。一道黑影如闪电般冲了进来。团藏惊愕地看着眼前的一幕，只见山中风和油女取根还来不及反应，便已被来人以手刀击晕在地，瞬间失去了战斗力。
团藏瞪大了眼睛，难以置信地望着面前的身影。当他看清来者竟是宇智波佐助时，心中不禁一震。没想到佐助竟然强大到如此地步。短暂的震惊过后，团藏眼中闪过一丝狡黠，一个计划涌上心头。他决定使用宇智波止水的万花筒——别天神，控制住宇智波佐助。
佐助冷冷地盯着眼前的老头，清晰地感受到了团藏身上散发出来的气，其中混杂着写轮眼和柱间细胞的气息，心中的杀意更盛，他暗自下定决心要从这个人口中审问信息。
佐助一脸惊愕地看着眼前这个自称为志村团藏的男人，团藏那傲慢而又自负的话语在佐助耳边回荡：“我是志村团藏，木叶长老、根部首领、未来第六代火影，同时也是你的主人！小鬼，快告诉我，你是不是开启了万花筒？这三年来，你到底去了哪里…………”
佐助暗骂：“神经病吧！”话音未落，他便如闪电般冲向团藏，身体前倾，右拳紧握，使出一记刚猛的直拳攻击。团藏显然没有预料到佐助会如此果断地出手，猝不及防之下被佐助冲拳击中。他的身体如同断了线的风筝般向后飞去，重重地撞在墙上，墙壁上出现了一道深深的裂痕。
团藏踉跄着后退几步，难以置信地大喊道：“不可能！我明明已经施展了别天神，让你听命于我！”然而，此时的佐助根本不为所动，他的攻势愈发凌厉，不给团藏丝毫喘息的机会。
只见佐助身形一闪，瞬间出现在团藏身后，手刀如同一把锋利的匕首，向他的后背砍去。团藏闷哼一声，向前扑倒在地，但他迅速翻身而起，企图反击。可是，佐助的速度实在太快，如同鬼魅一般。团藏还未站稳脚跟，就再次被佐助的横肘击中耳朵，鲜血顿时从他的耳中流出。
团藏终于支撑不住，倒在了地上丧失战斗力。他气喘吁吁地望着佐助，眼中充满了恐惧，仿佛看到了死神的降临。佐助毫不犹豫地施展出写轮眼幻术，强大的精神力量如同汹涌的暗流，瞬间侵入团藏的脑海。在幻术中，团藏痛苦地挣扎着，双手在空中挥舞，脸上扭曲着，仿佛在抗拒着什么，却无法抵抗佐助的审问。渐渐地，他的心理防线被彻底击溃，如同崩塌的堤坝，将所知信息一一吐出……
原来，当年宇智波一族惨遭灭门的幕后黑手正是团藏。当佐助获取到足够的信息后，他收起了幻术，用冰冷的目光凝视着已经奄奄一息的团藏。接着，他弯下腰，双手小心翼翼地将团藏身上的宇智波止水万花筒以及十一个写轮眼取走，只留下两个写轮眼，以防团藏的身体因失去所有写轮眼而被柱间细胞反噬。
做完这一切，佐助面无表情地看了一眼躺在地上的团藏，然后毅然转身，离开了这片的战场。他将根部的重要文件以及基地里剩下的写轮眼等物品，有条不紊地装进封印卷轴，毫不留恋地走出了地下基地。………
佐助搜集完宇智波一族灭族之夜死者的 DNA 后，施展舞空术，如离弦之箭般疾速飞行，迅速离开了木叶，返回音忍村。
5分钟后，值班的封印班上忍宫本脚步匆匆，朝着第五代火影纲手居住地前去。他的脸上带着一丝紧张和严肃，汇报有人离开的消息。
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